(一)办公室(健康宣传科、法规科）
负责文电、会务、机要、档案、督查等机关日常运转工作，负责建议提案办复、督查督办、综合治理、内务管理、绩效考核、项目建设、招商引资、系统信息化建设等工作。组织开展卫生健康宣传、健康促进等活动；承担卫生健康科学知识普及、新闻宣传、信息发布与报送、网站建设；承担重大问题调研、重要文稿起草工作。负责规范性文件的合法性审查和备案工作；负责对行政处罚决定进行合法性审查；负责组织重大处罚事项的听证，承担行政复议、行政应诉等工作；负责普法宣传等工作。组织起草地方性法规、规章草案和标准，承担规范性文件的合法性审核和行政复议、行政应诉、普法等工作。
(二)人事科
承担机关和直属单位人事管理、机构编制和队伍建设等工作; 负责直属单位专业技术人员资格的协调管理工作;指导市直医疗卫生机构分配制度改革;组织协调重点医药科研项目、新技术评估管理、重点科研基地(专科)建设;组织指导毕业后继续医学教育工作; 贯彻落实国家住院医师规范化培训制度和专科医师培训制度。
(三)规划财务科
承担机关及市直预算单位的预决算、财务、资产管理和内部审计工作; 拟定全市卫生健康事业中长期发展规划; 组织实施大型医用设备配置管理工作; 负责卫生信息统计工作。
(四)疾控科
承担传染病疫情信息发布工作，承担科学普及、新闻宣传、健康教育与健康促进等工作。组织拟订全市疾病预防控制中长期规划，承担疾病预防控制体系及信息化建设工作；承担疾病预防控制科研体系建设工作，拟订疾病预防控制科技发展规划及相关政策并组织实施；协同指导职责范围内的公共卫生教育；拟订传染病相关公共卫生干预措施并组织实施，组织开展传染病防控效果评估，管理传染病医疗机构，指导医疗机构开展疾病预防控制工作；组织落实国家、省免疫规划，组织预防接种服务体系及其信息系统建设工作，组织疫苗针对传染病防控的免疫效果评估，指导开展寄生虫病与地方病防控工作；拟订环境卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生管理政策并指导实施；拟订意外伤害相关预防措施。
(五)医政医管科(干部保健办公室)
拟定医疗机构区域设置规划;
(六)中医科
贯彻执行国家和省中医药和民族医药事业发展战略、规划、政策和相关标准,编制全市中医药和民族医药事业发展规划并组织实施;承担全市中医医疗、预防、保健、康复、护理及临床用药的监督管理责任,并进行业务指导; 负责监督协调全市医疗机构的中西医结合工作,执行国家和省有关规范和技术标准;拟定全市中医药人才发展规划,并组织具体实施; 开展中医药文化传承与发展,推动中医药防病治病知识的普及,推进中医药科学推广和传播;联系中医药社会团体。
(七)基层妇幼健康科
组织实施基层卫生健康政策、标准和规范,指导全市基层卫生健康服务体系建设和乡村医生相关管理工作;组织实施妇幼卫生健康政策、标准和规范;统筹推进全市妇幼健康服务体系建设,指导全市妇幼卫生、出生缺陷防治、婴幼儿早期发展、人类辅助生殖技术管理和生育技术服务工作; 负责组织指导病残儿童的医学评审鉴定工作。
(八)行政审批办公室
负责市级卫生健康管理方面有关行政审批事项的受理和审批工作。
(九)医疗应急与监督科（职业健康科）
拟订全市各级疾病预防控制机构业务工作监督检查 和考核评价办法并组织实施；组织协调传染病疫情应对工作，承担医疗卫生应急体系建设，组织指导各类突发公共事件的医疗救治和紧急医学救援工作；拟订重大疾病、慢性病防控管理政策并监督实施；承担医疗卫生监督工作，拟订医疗监督行业管理政策、标准并组织实施，依法组织查处医疗服务市场违法行为，完善卫生健康综合监督体系。规划指导监测预警体系建设和完善传染病疫情网络直报系统，建立疫情信息通报和共享机制，指导医疗机构等落实传染病疫情信息报告责任。组织开展传染病疫情监测、风险评估，提出预警决策和启动应急响应建议。组织制定市级监测预警等规划计划和应急预案，并报省疾病预防控制局审核。审核县(市)区级疾病预防控制局监测预警规划计划并指导开展相关工作；承担传染病疫情应急相关工作，组织编制预案并开展演练，承担应急体系、能力及队伍建设工作；提出相关应急物资储备品种、数量等建议，以及应急状态下物资需求和分配意见。承担医疗机构疾病预防控制监督工作，组织对医疗机构开展疾病预防控制工作的督导、检查和考核，依法组织查处传染病防治重大违法行为，指导建立疾病预防控制监督员制度；承担公共卫生监督工作和生物安全工作职能，组织指导地方开展职业卫生、放射卫生、环境卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生监督检查工作，依法组织查处公共卫生重大违法行为，完善卫生健康综合监督体系，负责实验室生物安全管理。
(十)安全生产监督管理科(信访科)
负责指导、监督全市卫生健康行业的安全生产工作;拟定并监督实施全市卫生健康行业安全生产行业标准和应急预案;指导各级卫生健康机构开展安全生产宣传教育和培训工作; 配合有关部门,承担卫生健康行业信访工作;及时反应和处理重大安全突发事件。
（十一)爱国卫生运动委员会办公室
贯彻实施爱国卫生相关法律、法规,规章和政策:拟定爱国卫生工作规划,井组织实施:组织动员人民群众参加爱国卫生活动，开展卫生创建活动;组织爱国卫生监督检查和考核评价;开展爱国卫生交流合作:受理爱国卫生建议和投诉;负责系统爱国卫生工作;牵头落实《烟草控制框架公约》的履约相关工作;完成本级人民政府交办的其他爱国卫生工作。
(十二)人口监测与家庭发展科
承担人口监测预警工作并提出人口与家庭发展相关政策建议,落实生育政策;建立和完善计划生育利益导向机制及特殊困难家庭扶助制度;落实全市计划生育奖励扶助政策。
机关党委
负责机关和直属事业单位党建、党群、党风廉政建设等工作。
